Dies ist eine Sammlung von häufig gestellten Fragen zu den Segmentierten Inneren Organen des Visible Human (SIO).
1 Ist dies das gleiche wie das Visible Human Project?
Nein, aber es basiert auf dem Visible Human Project. Die originalen Farbbilder des Visible Human Male wurden verkleinert und mittels 3D-Registrierung geometrisch an die CT-Bilder angeglichen, so dass ein isotropes, multispektrales Bildvolumen entstand. In einer anschließenden 3D-Segmentation wurden die anatomischen Bestandteile identifiziert und mit Objektmarken versehen.
2 Wie hoch ist die Auflösung des Modells?
Der begrenzende Faktor ist die Voxelgröße von 1 mm x 1 mm x 1 mm. Kleinere Strukturen erscheinen nur als geringfügige Veränderungen der Farbe oder der CT-Intensität.
3 Wie genau ist die Segmentation?
Die Segmentation wurde mit einem fortschrittlichen Klassifikator im RGB-Farbraum vorgenommen, der die Objektgrenzen sehr genau lokalisieren kann (siehe Referenzen).
Der Atlas VOXEL-MAN 3D-Navigator: Innere Organe, der auf diesem Modell basiert, wurde von mehreren unabhängigen Experten der Anatomie und Radiologie positiv bewertet.
4 Enthält das Modell die Muskeln?
Ja, das Modell beinhaltet fast das gesamte Muskelgewebe des Rumpfes. Es ist jedoch meist als „nicht klassifizierte Muskeln“ gekennzeichnet, nur einige Muskeln der Bauchregion sind explizit markiert. Bitte schauen Sie sich die Objektliste an.
5 Enthält dieses Modell alle Teile des Innere Organe anatomischen Atlas?
Fast, aber einige dünne Arterien, Nerven und Lymphknoten, die auf den Schnittbildern nicht sichtbar sind, wurden mit einem Röhreneditor modelliert und als polygonale Oberflächennetze repräsentiert. Sie sind nicht Teil dieses Modells.
6 Wie kann ich das Modell bekommen?
Das Modell steht für Forschungszwecke zur Verfügung und erfordert eine unterschriebene Lizenzvereinbarung. Bitte folgen Sie den Anweisungen auf der Seite Segmentierte Innere Organe.
7 Kann ich die Daten vorher ansehen?
Sicher, bitte laden Sie die Beispieldatei herunter. Dieses ZIP-Archiv enthält einen Satz von 5 aufeinander folgenden Schnitten, jeweils mit Farb-, CT- und Labelbildern. Eine Objektliste ist ebenfalls enthalten, die die Zahlen in den Labelbildern mit ihrer anatomischen Bedeutung verknüpft.
8 Wie ist das Labelvolumen organisiert?
Genau wie die Farb- und CT-Daten besteht das Labelvolumen aus einer Folge nummerierter Schnittbilder. Farb-, CT- und Label-Bilder mit derselben Bildnummer stellen unterschiedliche Eigenschaften derselben Voxel dar.
Anstelle von Farben oder Intensitätswerten enthält ein Labelbild numerische Objektmarken. Jedes Objekt wird durch mindestens eine Objektnummer dargestellt (z.B. aufsteigende Aorta 511, Aortenbogen 512, absteigende Aorta 513, Bauchaorta 514). Überall, wo Sie eine Objektnummer finden, liegt das entsprechende Objekt vor. Eine vollständige Auflistung der Objektnummern finden Sie in der Objektliste.
9 Warum ist auf den Labelbildern nichts zu sehen?
Es handelt sich um 16-Bit-TIFF-Bilder, die von einigen Programmen nicht richtig dargestellt werden. Zu den Programmen, die mit diesen Daten umgehen können, gehören ImageJ (kostenlos) und Adobe Photoshop. Wenn das Bild immer noch schwarz erscheint, passen Sie die Einstellungen für Helligkeit/Kontrast bzw. Pegel/Fenster an.
10 Wie kann ich aus diesen Bildern einen Volumendatensatz erstellen?
Die Bilder müssen übereinander gestapelt werden. Beispielsweise in ImageJ verwenden Sie Datei > Import > Image Sequence…, um drei Bildvolumina für die Farb-, CT- bzw. Labeldaten zu erstellen.
11 Ist dies ein polygonales Oberflächenmodell?
Nein, die Daten werden als dreidimensionales Voxelmodell geliefert. Wenn Sie ein Polygonnetz benötigen, können Sie es mit Methoden wie Marching Cubes selbst erstellen.
12 Kann ich das Modell als 3DS, 3MF, Collada, OBJ, STL, VRML, X3D-Datei erhalten?
Dies sind Dateiformate für Computer Aided Design, 3D-Grafik oder 3D-Druck, die Oberflächendarstellungen enthalten, siehe vorherige Frage.
13 Kann ich die SIO für die FEM-Simulation verwenden?
Sicher. Allerdings müssen Sie, wie bei den Polygonmodellen, Ihr eigenes Finite-Elemente-Modell aus dem Voxel-Modell erstellen.
14 Kann ich die Segmentationssoftware bekommen?
Die interaktive Segmentation, die wir für alle unsere virtuellen 3D-Modelle verwenden, ist im Simulatormodul VOXEL-MAN My Cases implementiert. Beachten Sie jedoch, dass diese Version für radiologische Bilder optimiert ist und den RGB-Klassifikator nicht enthält.
15 Das klingt mir viel zu technisch. Wie kann ich dieses Modell verwenden, um die Anatomie zu studieren?
Laden Sie den VOXEL-MAN 3D-Navigator: Innere Organe interaktiven Atlas der Anatomie und Radiologie herunter, der auf diesem 3D-Modell basiert. Er ist unter einer Creative Commons-Lizenz verfügbar.